幕府末年的海阪藩,下级武士清兵卫在妻子病逝后,以微薄薪俸独自照料痴呆老母和两个年幼女儿,由于每日结束工作后都是匆匆回家从不参加应酬,他被同僚们戏称为“黄昏的清兵卫”...
影片讲述了在一个时局动乱,军阀割据的年代,百姓民不聊生,坊间谣传诡门十三针是一种神奇的针法,能够治疗各种疑难杂症,主人公赤瞳从小就是孤儿,父母就是被阴病所害,在与苏哮天结识之后,踏上了用诡门十三针治疗阴病的旅程,经历了一番艰难的斗争之后,苏哮天在与阴病的战斗中,不幸离世,赤瞳继承了苏哮天的意志,踏上了铲除阴病的路途……