大学教授·大岛健藏在东京都内的巷子里被不明身份的人刺杀,警视厅搜查一课·十津川警官和龟井刑警则亲临现场...
由於身懷特殊能力,一個名叫宮的女孩被僱傭兵追殺。在逃跑的路上,她碰巧遇到出生在忍者世家中的石動律花。這些忍者一直隱居在僻靜之地,石動律花和她的祖父兵衛,也就是忍者家族的首領,決定為宮提供庇護,但親眼看見父親被僱傭兵殺害的宮卻一心想要報仇…。