这次原创故事的时间线定在前作结局后的一年,因此在前作中因病去世的亚希子丈夫、竹野内丰饰演的宫本良一也将再次出现...
哨声中,731部队本部在广场上集合,参谋官宣布全体紧急撤退,离去前要销毁一切731的秘密及痕迹。试验室中,伊东在毁坏细菌温床时,划破手而被感染。秋山扶着他跟其他人一样上了唯一逃亡的列车,在开动着的列车内伊东及女医官司都病重,细菌不断在扩散,引起一片惊慌,这列车已成为死亡列车了。